Foi um conflito armado transcorrido em duas fases, fomentado pela Marinha brasileira em represália, inicialmente, ao governo do Marechal Deodoro da Fonseca e à atuação de seu vice, Marechal Floriano Peixoto. Ocorreu em duas fases:

Primeira Revolta Armada

Aconteceu no ano de 1891, em represália à maneira de atuar do então presidente da República Marechal Deodoro da Fonseca que, ao ver-se diante de sérios problemas para lidar com os partidos políticos contrários ao governo - representados pela nata cafeicultora -, resolveu tomar uma atitude radical, fechar o Congresso, transgredindo a Constituição de 1891. Uma ação coletiva por parte de alguns centros da marinha, entre eles o da Baía de Guanabara, que se revoltaram e prometeram atacar a cidade do Rio de Janeiro, então capital da República.

Para evitar o pior, Deodoro da Fonseca, então com apenas nove meses de gestão, decidiu renunciar. Seu vice, Floriano Peixoto, assume provisoriamente, pois segundo a Constituição, no prazo sumo de dois anos seriam chamadas novas eleições presidenciais. Quando se aproximava o fim de seu mandato a oposição começou a alardear que Floriano pretendia continuar no governo ilicitamente.

Segunda Revolta Armada

Teve início com uma agitação encabeçada por alguns generais, que enviaram uma carta ao presidente Floriano Peixoto ordenando-lhe que convocasse imediatamente novas eleições, em obediência à Constituição. O presidente coibiu severamente a insubordinação, ordenando a prisão dos condutores do levante. O golpe era comandado pelos oficiais superiores da armada Saldanha da Gama e Custódio de Melo, que ambicionava substituir Floriano Peixoto.

O movimento retratava a insatisfação da Marinha, que se sentia politicamente inferior ao Exército. O levante não encontra apoio necessário no Rio de Janeiro, migrando então para o Sul. Algumas tropas se aquartelaram na cidade de Desterro – Atual Florianópolis – e tentaram um acordo com os gaúchos partidários do federalismo, porém sem êxito. Em março de 1894 o Presidente da República, amparado pelas forças do Exército brasileiro, pelo Partido Republicano Paulista e contando com uma nova frota de navios obtida com urgência no exterior, abafou o movimento.